抗生素耐药性被认为是人类面临的十大全球公共卫生威胁之一，而空气传播是抗生素耐药基因（ARGs）在环境中传播的一个重要但却未得到足够重视的途径。以往的研究表明，制药厂是抗生素耐药性的热点地区，是周围受纳水体和土壤环境中 抗生素耐药基因（ARGs） 和抗生素耐药菌（ARB）的主要来源，但其在空气中的传播规律及其环境风险仍知之甚少。在此，我们对三家制药厂的空气微生物组和抗性组进行了宏基因组分析。土壤（38.45%）和废水（8.53%）是空气中耐药基因的主要来源，在制药厂空气中发现了对临床重要抗生素产生耐药性的 ARGs（vanR/vanS、blaOXA 和 CfxA）。对比制药厂厂区和居民区，污水处理区气载 ARGs的相对丰度明显更高（0.64 copies/16s rRNA）。在检测到的气载ARGs 中，约有 28.2% 与质粒有关，而在污水处理区这一比例上升到约 50%。此外，我们编制了一份在制药厂发现的高风险空气传播 ARGs 清单。我们还确定了 1,043 个病毒操作分类单元，并在细菌宿主中发现了应对噬菌体感染的不同 CRISPR-Cas 免疫系统。本研究提供对制药厂抗生素抗性基因图谱和微生物组（细菌和非细菌）的深入了解，揭示气载抗生素抗性对人类健康产生潜在影响。