珊瑚礁被称为海洋中的“热带雨林”，拥有很高的生物量和物种多样性，为人类提供丰富的生物资源和重要的生态服务功能。蓝藻是珊瑚礁生态系统的重要组成：一方面，蓝藻是珊瑚礁区重要的初级生产者，可以固定碳（光合作用）和氮（固氮作用），参与珊瑚礁生态系统的物质循环和能量交换。另一方面，近年来珊瑚覆盖率显著下降，与之相关的是底栖藻类的快速增长，形成大面积藻席垫（BCMs），称为“珊瑚-藻类”相变。特别是，底栖蓝藻通常是死亡珊瑚礁的早期定植者，影响受损珊瑚群落后续的恢复。研究表明一些蓝藻不仅通过占据空间，还采取多种策略来限制珊瑚的繁殖，从而影响珊瑚群落的恢复。气候变化（如海水升温）和人类活动造成的环境变化（如富营养化、过度捕捞等）可能促进蓝藻藻席垫的大量扩张。
       本研究采集了我国福建东山、广东、海南和广西等地珊瑚礁区样品。结合传统形态分类学和16S rRNA宏基因条码，研究了涠洲岛珊瑚礁区沉积物、水和珊瑚组织中的蓝藻多样性及其与珊瑚礁健康状况（轻度、中度和重度破坏）间的关系。利用原核生物16S rRNA通用引物和蓝藻特异性引物宏基因条码方法，分别检测出15个和43个蓝藻属，表明后者对蓝藻的检出效率更高。不同珊瑚健康状态下，蓝藻的多样性组成存在明显差异，退化的珊瑚礁蓝藻物种多样性约是健康珊瑚礁的1.25倍。此外，潜在的有毒蓝藻，如Nostoc和Lyngbya，在退化的珊瑚礁中增加，暗示了有害蓝藻与珊瑚礁退化之间的相关性。结合形态学和全长16s rRNA系统发育，对我国南海珊瑚礁区及邻近海域分离的100多个蓝藻株系进行了初步鉴定，结果表明南海珊瑚礁区蓝藻多样性丰富，包括了Alteromonas、Anabaena、Arthrospira、Chroococcus、Cyanobacterium、Cylindrospermopsis、Filamentous、Geminocysisi 、Leptolyngbya 、Leptolyngbya、Lyngbya、Oscillatoria、Phomidesmis、Psammoneisc、Pseudanabaena、Rhodosorus、Sodalinema、Spirulina、Synechococcus等属的蓝藻。因此，结合蓝藻特异性16S rDNA宏基因条码和传统基于株系的形态分类，可以有效揭示蓝藻多样性地理分布模式，并为珊瑚礁生态系统修复与保护提供理论基础。

南海；珊瑚礁；底栖蓝藻；藻席垫；多样性