海岸带红树林的蓝碳功能和固碳潜力已成为缓解全球气候变化的长期解决方案之一，植被源和土壤源甲烷（CH₄）和二氧化碳（CO₂）通量差异及其对净生态系统碳通量（NEE）的贡献鲜见报道。利用便携式温室气体自动分析仪监测了浙南红树林恢复区主要植被群落和土壤源CH₄和CO₂的排放通量及其影响因素。结果表明，恢复区红树林生态系统是大气CO₂的“吸收汇”和CH₄的“排放源”。红树林植被群落CH₄和CO₂通量分别为14.66和-2.21μmol·m^-2·s^-1，均高于互花米草植被（分别为9.02和-4.05μmol·m^-2·s^-1）。红树林土壤CH₄通量（5.25μmol·m^-2·s^-1）低于互花米草土壤（8.33μmol·m^-2·s^-1），CO₂通量（0.90μmol·m^-2·s^-1）高于互花米草（0.23μmol·m^-2·s^-1）。相较土壤源，红树林和互花米草的植被群落提高了CH₄排放通量2.07和0.08倍。中潮滩植被群落CH₄排放最高（17.21μmol·m^-2·s^-1），CO₂排放最低（-1.92μmol·m^-2·s^-1）。